library(MendelianRandomization)
# Generamos el input usando 2 disponibles en la propia librería
# Estos son los que se usan en el paper
MRdata_HDL_CHD <- mr_input(bx = hdlc, bxse = hdlcse, by = chdlodds, byse = chdloddsse)
# mr_ivw, mr_egger y mr_median devuelven una estimación, su error estandar e
# intervalo de confianza dependiendo de los métodos utilizados, junto con el
# error residual y otros parámetros
stats <- mr_ivw(MRdata_HDL_CHD)
egger <- mr_egger(MRdata_HDL_CHD)
median <- mr_median(MRdata_HDL_CHD)
# mr_allmethods hace la aleatorización con todos los métodos disponibles en el
# paquete. También se puede especificar el paquete. En la ayuda pone que se usa
# all, pero en el paper usan main, que da solo los resultados principales.
# All da todos los resultados, y se le pueden dar argumentos extra a los métodos
allmethods <- mr_allmethods(MRdata_HDL_CHD, method = "main")
# De ese resultado se pueden hacer plots
mr_plot(allmethods)
# Pero también del input
mr_plot(MRdata_HDL_CHD)